GERİ DÖN

Ders Öğretim Planı


Dersin Kodu Dersin Adı Dersin Türü Yıl Yarıyıl AKTS
GBESEC-311 BİYOİNFORMATİK Seçmeli Ders Grubu 3 5 4,00

Lisans


Türkçe


Bu derste, Genetik ve Biyomühendislik Bölümü lisans öğrencilerine; biyolojik veri tabanları ile bazı biyoinformatik araçlarını kullanabilmesi ve bu araçları kullanarak DNA, RNA ve protein arasındaki bilgi akışını analiz edilebilmesinin sağlanması amaçlanmıştır.


Doç. Dr. Cengiz ÇORBACI


1 DNA, RNA ve protein arasındaki bilgi akışını anlayabilme
2 Biyoinformatikde yaygın olarak kullanılan temel algoritmaları kavrayabilme
3 Dizi analizi yöntemlerini öğrenebilme ve filogenetik araştırmalara uygulayabilme
4 Biyolojik veri tabanlarının temellerini anlama ve moleküler biyoloji ve genetik kapsamında kullanılabilme
5 Büyük ölçekli biyolojik verileri çeşitli biyoinformatik araçlarını kullanarak analiz edebilme

Birinci Öğretim



Yok


Bu ders, biyoinformatiğe giriş, DNA dizi analizi, dizi hizalama yöntemleri, çoklu hizalama yöntemleri, moleküler evrim ve filogenetik ağaç oluşturma, primer dizaynı, restriksiyon haritalarının oluşturulması ve proteinlerin yapı tahminleri konularını kapsamaktadır.


Hafta Teorik Uygulama Laboratuvar
1 Biyoinformatiğe giriş
2 Bilgiye ulaşım
3 DNA dizi analizi ve yeni nesil dizileme yöntemleri
4 DNA dizi analizi ve yeni nesil dizileme yöntemleri
5 Dizi hizalama yöntemleri
6 Global ve lokal hizalama
7 Global ve lokal hizalama
8 Ara sınav
9 Fasta ve Blast algoritmaları
10 Fasta ve Blast algoritmaları
11 Çoklu hizalama yöntemleri
12 Moleküler filogeni ve filogenetik ağaç oluşturma
13 Moleküler filogeni ve filogenetik ağaç oluşturma
14 Primer dizaynı ve dimer kontrolü
15 Restriksiyon haritalarının oluşturulması

Mount, D.W., 2004. Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis (2nd edition), Cold Spring Harbor Laboratory Jones, N.C., Pevzner, P.A., 2004. An Introduction to Bioinformatics Algorithms, MIT press Krane, D.E., Raymer, M.L., 2003. Fundamental Concepts of Bioinformatics, Benjamin Cummings



Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri Adet Değer
Ara Sınav 1 100
Toplam 100
Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri Adet Değer
Final Sınavı 1 100
Toplam 100
Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri 40
Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri 60


Etkinlikler Sayısı Süresi (saat) Toplam İş Yükü (saat)
Ara Sınav 1 2 2
Final Sınavı 1 2 2
Derse Katılım 14 3 42
Bireysel Çalışma 13 4 52
Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma 1 12 12
Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma 1 12 12
Toplam İş Yükü (saat) 122

ÖÇ 1
ÖÇ 2
ÖÇ 3
ÖÇ 4
ÖÇ 5
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek