Dersin Kodu | Dersin Adı | Dersin Türü | Yıl | Yarıyıl | AKTS |
---|---|---|---|---|---|
GBESEC-311 | BİYOİNFORMATİK | Seçmeli Ders Grubu | 3 | 5 | 4,00 |
Lisans
Türkçe
Bu derste, Genetik ve Biyomühendislik Bölümü lisans öğrencilerine; biyolojik veri tabanları ile bazı biyoinformatik araçlarını kullanabilmesi ve bu araçları kullanarak DNA, RNA ve protein arasındaki bilgi akışını analiz edilebilmesinin sağlanması amaçlanmıştır.
Doç. Dr. Cengiz ÇORBACI
1 | DNA, RNA ve protein arasındaki bilgi akışını anlayabilme |
2 | Biyoinformatikde yaygın olarak kullanılan temel algoritmaları kavrayabilme |
3 | Dizi analizi yöntemlerini öğrenebilme ve filogenetik araştırmalara uygulayabilme |
4 | Biyolojik veri tabanlarının temellerini anlama ve moleküler biyoloji ve genetik kapsamında kullanılabilme |
5 | Büyük ölçekli biyolojik verileri çeşitli biyoinformatik araçlarını kullanarak analiz edebilme |
Birinci Öğretim
Yok
Bu ders, biyoinformatiğe giriş, DNA dizi analizi, dizi hizalama yöntemleri, çoklu hizalama yöntemleri, moleküler evrim ve filogenetik ağaç oluşturma, primer dizaynı, restriksiyon haritalarının oluşturulması ve proteinlerin yapı tahminleri konularını kapsamaktadır.
Hafta | Teorik | Uygulama | Laboratuvar |
---|---|---|---|
1 | Biyoinformatiğe giriş | ||
2 | Bilgiye ulaşım | ||
3 | DNA dizi analizi ve yeni nesil dizileme yöntemleri | ||
4 | DNA dizi analizi ve yeni nesil dizileme yöntemleri | ||
5 | Dizi hizalama yöntemleri | ||
6 | Global ve lokal hizalama | ||
7 | Global ve lokal hizalama | ||
8 | Ara sınav | ||
9 | Fasta ve Blast algoritmaları | ||
10 | Fasta ve Blast algoritmaları | ||
11 | Çoklu hizalama yöntemleri | ||
12 | Moleküler filogeni ve filogenetik ağaç oluşturma | ||
13 | Moleküler filogeni ve filogenetik ağaç oluşturma | ||
14 | Primer dizaynı ve dimer kontrolü | ||
15 | Restriksiyon haritalarının oluşturulması |
Mount, D.W., 2004. Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis (2nd edition), Cold Spring Harbor Laboratory Jones, N.C., Pevzner, P.A., 2004. An Introduction to Bioinformatics Algorithms, MIT press Krane, D.E., Raymer, M.L., 2003. Fundamental Concepts of Bioinformatics, Benjamin Cummings
Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | Adet | Değer |
---|---|---|
Ara Sınav | 1 | 100 |
Toplam | 100 | |
Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | Adet | Değer |
Final Sınavı | 1 | 100 |
Toplam | 100 | |
Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 40 | |
Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 60 |
Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
---|---|---|---|
Ara Sınav | 1 | 2 | 2 |
Final Sınavı | 1 | 2 | 2 |
Derse Katılım | 14 | 3 | 42 |
Bireysel Çalışma | 13 | 4 | 52 |
Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma | 1 | 12 | 12 |
Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma | 1 | 12 | 12 |
Toplam İş Yükü (saat) | 122 |
ÖÇ 1 |
ÖÇ 2 |
ÖÇ 3 |
ÖÇ 4 |
ÖÇ 5 |