GERİ DÖN
Ders Öğretim Planı
| Dersin Kodu | Dersin Adı | Dersin Türü | Yıl | Yarıyıl | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| GBESEC-311 | BİYOİNFORMATİK | Seçmeli Ders Grubu | 3 | 5 | 4,00 |
Dersin Seviyesi
Lisans
Dersin Sunulduğu Dil
Türkçe
Dersin Amacı
Bu derste, Genetik ve Biyomühendislik Bölümü lisans öğrencilerine; biyolojik veri tabanları ile bazı biyoinformatik araçlarını kullanabilmesi ve bu araçları kullanarak DNA, RNA ve protein arasındaki bilgi akışını analiz edilebilmesinin sağlanması amaçlanmıştır.
Dersi Veren Öğretim GörevlisiGörevlileri
Doç. Dr. Cengiz ÇORBACI
Öğrenme Çıktıları
| 1 | DNA, RNA ve protein arasındaki bilgi akışını anlayabilme |
| 2 | Biyoinformatikde yaygın olarak kullanılan temel algoritmaları kavrayabilme |
| 3 | Dizi analizi yöntemlerini öğrenebilme ve filogenetik araştırmalara uygulayabilme |
| 4 | Biyolojik veri tabanlarının temellerini anlama ve moleküler biyoloji ve genetik kapsamında kullanılabilme |
| 5 | Büyük ölçekli biyolojik verileri çeşitli biyoinformatik araçlarını kullanarak analiz edebilme |
Öğrenim Türü
Birinci Öğretim
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
Yok
Dersin İçeriği
Bu ders, biyoinformatiğe giriş, DNA dizi analizi, dizi hizalama yöntemleri, çoklu hizalama yöntemleri, moleküler evrim ve filogenetik ağaç oluşturma, primer dizaynı, restriksiyon haritalarının oluşturulması ve proteinlerin yapı tahminleri konularını kapsamaktadır.
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
| Hafta | Teorik | Uygulama | Laboratuvar |
|---|---|---|---|
| 1 | Biyoinformatiğe giriş | ||
| 2 | Bilgiye ulaşım | ||
| 3 | DNA dizi analizi ve yeni nesil dizileme yöntemleri | ||
| 4 | DNA dizi analizi ve yeni nesil dizileme yöntemleri | ||
| 5 | Dizi hizalama yöntemleri | ||
| 6 | Global ve lokal hizalama | ||
| 7 | Global ve lokal hizalama | ||
| 8 | Ara sınav | ||
| 9 | Fasta ve Blast algoritmaları | ||
| 10 | Fasta ve Blast algoritmaları | ||
| 11 | Çoklu hizalama yöntemleri | ||
| 12 | Moleküler filogeni ve filogenetik ağaç oluşturma | ||
| 13 | Moleküler filogeni ve filogenetik ağaç oluşturma | ||
| 14 | Primer dizaynı ve dimer kontrolü | ||
| 15 | Restriksiyon haritalarının oluşturulması |
Ders Kitabı Malzemesi Önerilen Kaynaklar
Mount, D.W., 2004. Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis (2nd edition), Cold Spring Harbor Laboratory Jones, N.C., Pevzner, P.A., 2004. An Introduction to Bioinformatics Algorithms, MIT press Krane, D.E., Raymer, M.L., 2003. Fundamental Concepts of Bioinformatics, Benjamin Cummings
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Değerlendirme
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | Adet | Değer |
|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | Adet | Değer |
| Final Sınavı | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 40 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 60 | |
Staj Durumu
İş Yükü Hesaplaması
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 2 | 2 |
| Final Sınavı | 1 | 2 | 2 |
| Derse Katılım | 14 | 3 | 42 |
| Bireysel Çalışma | 13 | 4 | 52 |
| Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma | 1 | 12 | 12 |
| Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma | 1 | 12 | 12 |
| Toplam İş Yükü (saat) | 122 | ||
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
| ÖÇ 1 |
| ÖÇ 2 |
| ÖÇ 3 |
| ÖÇ 4 |
| ÖÇ 5 |
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek