GERİ DÖN
Ders Öğretim Planı
| Dersin Kodu | Dersin Adı | Dersin Türü | Yıl | Yarıyıl | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| FİZ-5450 | MOLEKÜLER DİNAMİK SİMÜLASYON | Seçmeli Ders Grubu | 1 | 2 | 6,00 |
Dersin Seviyesi
Yüksek Lisans
Dersin Sunulduğu Dil
Türkçe
Dersin Amacı
Biyofizik uygulamaları ile bilimdeki temel hesaplama tekniklerine giriş. Bu ders, öğrencinin biyomoleküllerin dinamik ve yapısal özelliklerini anlamasını ve tahmin etmesini sağlamayı amaçlamaktadır. Atomik moleküler dinamik simülasyonun temelleri ele alınacaktır.
Dersi Veren Öğretim GörevlisiGörevlileri
Dr. Öğr. Üyesi Derya VURAL
Öğrenme Çıktıları
| 1 | Simülasyon sistemi tasarlama |
| 2 | Determining the simulation parameter and force field |
| 3 | Simülasyon sisteminin problemlerini çözme |
| 4 | Simülasyon sonuçlarını görselleştirme ve analiz etme |
| 5 | Analiz için basit komut dosyası yazma |
Öğrenim Türü
Birinci Öğretim
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
Yok
Dersin İçeriği
Biyomoleküllere ve bilgisayar uygulamalarına giriş, Potansiyel Enerji Fonksiyonu, Entegrasyon Algoritması, Sıcaklık Kontrolü, Sınır Koşulları, Komşu Listeleri, Basit bir biyomolekülleri sanal olarak analiz etme, Simülasyon sistemi tasarlama, MD simülasyon adımları, Moleküler dinamik simülasyon sonuclarının gorsel analizi, Analiz araçlarının uygulanması
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
| Hafta | Teorik | Uygulama | Laboratuvar |
|---|---|---|---|
| 1 | Biyomoleküller ve Bilgisayar Uygulanalarına Giris | ||
| 2 | Potensiyel Enerji Fonksiyonu | ||
| 3 | Entegrasyon Algoritması | ||
| 4 | |||
| 5 | Baslangıç ve Denge | ||
| 6 | Basit bir biyomolekülleri sanal olarak analizi | ||
| 7 | Çalışma Haftası | ||
| 8 | |||
| 9 | |||
| 10 | Simülasyon sistemi tasarlama: toz numune | ||
| 11 | MD Simülasyon step | ||
| 12 | Simülasyon sonuclarının analizi | ||
| 13 | Analiz araclarının uygulanması | ||
| 14 | TCL kod yazılımı | ||
| 15 | Rapor hazırlama | ||
| 16 | Final |
Ders Kitabı Malzemesi Önerilen Kaynaklar
J. M. Haile; Molecular Dynamic Simulations: Elementary Methods - 1st Edition Andrew Leach;Molecular Modeling:Principles and Application - 2nd Edition
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Değerlendirme
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | Adet | Değer |
|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | Adet | Değer |
| Final Sınavı | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 40 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 60 | |
Staj Durumu
İş Yükü Hesaplaması
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 2 | 2 |
| Final Sınavı | 4 | 6 | 24 |
| Derse Katılım | 14 | 3 | 42 |
| Bireysel Çalışma | 14 | 5 | 70 |
| Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma | 1 | 2 | 2 |
| Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma | 4 | 4 | 16 |
| Ev Ödevi | 4 | 6 | 24 |
| Toplam İş Yükü (saat) | 180 | ||
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
| PÇ 1 | PÇ 2 | PÇ 3 | PÇ 4 | PÇ 5 | PÇ 6 | PÇ 7 | PÇ 8 | PÇ 9 | PÇ 10 | PÇ 11 | PÇ 12 | |
| ÖÇ 1 | 3 | 4 | 3 | 4 | 3 | 4 | 3 | 4 | 4 | 4 | 4 | 3 |
| ÖÇ 2 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 4 | 5 | 5 | 5 | 3 | 3 | 4 |
| ÖÇ 3 | 4 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 4 | 4 | 4 | 3 | 3 |
| ÖÇ 4 | 3 | 3 | 3 | 3 | 4 | 3 | 4 | 3 | 4 | 3 | 4 | 3 |
| ÖÇ 5 | 4 | 4 | 3 | 3 | 3 | 4 | 4 | 4 | 4 | 3 | 3 | 3 |
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek